micro-RNA 데이터 분석

개요

    micro-RNA는 22bp의 염기서열로 구성되어 있는 non-coding RNA로 전사 후 조절인자로써 유전자 발현에 기인한다.
    질환의 발병원인과 밀접한 관려이 있다는 것이 밝혀지면서 microRNA의 발현과 기능에 대한 연구가 활발히 진행되고 있으며,
    발현된 micro-RNA의 정량화된 수치를 계산하고 새로운 micro-RNA를 발굴할 수 있으며 target 유전자를 예측하는 분석 방법이다.

데이터 분석

  1. micro-RNA expression profiling
  2. Differentially expressed micro-RNA analysis
  3. Novel micro-RNA discovery
  4. micro-RNA target gene prediction
  5. micro-RNA family classification
  6. micro-RNA functional annotation

분석 순서 및 도구

    

분석 결과 및 설명

  1. Expression Profile Analysis
    1. 발현 값을 바탕으로 유의한 차별 발현 마이크로RNA의 나열 및 클러스터링: R
  2. micro-RNA Structure/Function Annotation
    1. 마이크로RNA의 구조 정보 주석 달기: miRExpress
    2. 현재까지 알려져 있지 않은 마이크로RNA의 발굴
  3. micro-RNA Family Classification
    1. Seed 서열을 바탕으로 같은 기능을 한다고 알려져 있는 마이크로RNA의 family분류: miRBase
  4. micro-RNA Target and Prediction
    1. 마이크로RNA가 타겟하는 유전자 주석달기: TarBase
    2. 마이크로RNA의 새로운 타켓을 예측: TargetScan

분석 소요시간 및 결과 조건

  1. Bioinformatics

    2. 샘플 수 (명) 데이터 분석 소요시간 가격(원) 비고
    1~16
    4 일 QC + Alignment: 1 일
    Quantification +
    Normalization : 1 일
    Basic Analysis: 2 일
    		미 정 Reads: > 40 million
    32~64 10 일 미 정
    >100 >20 일 미 정

  2. NGS Sequencing + Bioinformatics

    3. 샘플 수 (명) 실험 수행 및 데이터 분석 소요시간 가격(원) 비고
    1
    약 2주 Sample prep. : 3 일
    Sequencing : 2 일
    QC + Alignment: 1 일
    Quantification +
    Normalization : 1 일
    Basic Analysis: 2 일
    		미 정 Reads: > 40 million
    10 약 2주 미 정
    >100 >4 주 미 정